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纵使改变,依然故我

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AI for protein design

硅锗
2023-04-23 / 0 评论 / 0 点赞 / 342 阅读 / 247 字

最近学习了一些工具,看到了一些有趣的结果。等有机会要亲手玩一下。

先列几个,备忘

  • AF design
  • RF design
  • RF diffusion
  • Pi fold

以上的模型对算力要求其实是很高的,个人玩家很可能玩不动。不过,在台式机上是可以运行trRossetta2的。

在2015年末,我还申请过去David Baker实验室读博,可惜没有得到任何回复。可能还是简历过于平庸。不过好在学术界的成果通常是会开源的,所以我还是有机会在这一领域持续探索。就在上周,David Baker课题组发表了Top-down design of protein architectures with reinforcement learning
。根据abstract,这个工具可以设计特定开孔大小的蛋白质复合体。虽然这个效果听起来没有很轰动,但是我认为有非常高的应用价值。

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